Finalmente consegui usar o Eclipse como ambiente de desenvolvimento para o Arduino. Não sei bem o que havia acontecido da primeira vez que tentei, mas agora segui as instruções em http://www.chipkin.com/articles/using-eclipse-with-arduino-duemilanove e funcionou muito bem, exceto por duas coisas.
A primeira é que nas instruções o autor sugere alterar a linha do comando do linker para:
${COMMAND} –cref -s -Os ${OUTPUT_FLAG}${OUTPUT_PREFIX}${OUTPUT} ${INPUTS} -lm ${FLAGS}.
Eu havia passado por cima deste passo, por descuido, e funcionou. Quando fiz esta alteração, deixou de funcionar. Então, recomendo manter a configuração default do Eclipse que, no meu caso, era
${COMMAND} ${FLAGS} ${OUTPUT_FLAG}${OUTPUT_PREFIX}${OUTPUT} ${INPUTS}
A segunda, que o autor menciona no FAQ, é que sempre que vou carregar um novo programa, eu devo desconectar e conectar novamente a USB.
Fora isto, tudo bem...